Covid-19 : peut-on vraiment être infecté à trois reprises ?

Non pas une, ni deux, mais trois infections par le SARS-CoV-2. Cette mésaventure serait arrivée à un jeune de 19 ans près de Tarbes (Hautes-Pyrénées), rapporte France 3 ce mercredi, s’appuyant sur un premier article publié par La Semaine des Pyrénées. Mais s’agit-il vraiment de « réinfections », comme le laisse entendre le titre ? En réalité, rien ne permet de le dire.

« Cela semble très inhabituel, mais trois PCR positives ne suffisent pas à dire s’il s’agit d’une, de deux ou de trois infections. La seule façon de le prouver serait de faire un séquençage des prélèvements afin de comparer les souches entre elles », répond d’emblée l’infectiologue Benjamin Davido. En octobre dernier, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC, la grande agence sanitaire américaine) avaient listé une longue série de critères permettant d’établir scientifiquement une réinfection. On fait le point.

Ce que l’on sait sur cette histoire

Nos confrères rapportent que le jeune homme aurait eu trois tests PCR positifs en juin 2020, en octobre de la même année, puis ces derniers jours, fin mai 2021. Il aurait eu très peu voire pas de symptômes les deux premières fois, mais il se dit aujourd’hui « pas en grande forme » et « pas en état de témoigner »‚ d’après un de ses proches.

Ce que dit la science des cas de réinfection

Des cas de réinfection ont été documentés dans la littérature scientifique. Avant l’arrivée des fameux variants, plusieurs études ont estimé ce risque entre 0 et 0,2 %, rapporte le Vidal, précisant que ces chiffres étaient à prendre avec beaucoup de prudence. « Sur 10 ou 15 millions de personnes infectées en France, il y en a peut-être eu quelques milliers contaminés deux fois, donc avec une réinfection », corrobore le virologue Yves Gaudin.

Dans d’autres cas, une personne a pu être positive à deux reprises à quelques mois d’écart sans avoir été à proprement parler réinfectée entre-temps, mais simplement car de l’ARN du virus a été détecté lors du test PCR. « Le virus n’est quasiment plus actif dans l’organisme mais vous en avez gardé un peu. Si la PCR est très sensible, ça peut matcher », indique Yves Gaudin. Un numéro du cycle de PCR élevé correspond à une quantité d’ARN viral détecté faible. « On a eu des cas positifs 64 jours après la fin des symptômes et je suis sûr que des gens gardent du virus plus longtemps, de façon latente. Cela existe », complète Stéphane Korsia-Meffre, rédacteur médical pour le Vidal. Dans ce cas de figure, la personne n’est généralement pas (ou très peu) contagieuse.

Suivant cette logique, il est même possible d’être positif, négatif, puis de nouveau positif. « La reprise de positivité faible tardive n’est que le reflet d’une persistance non infectieuse d’ARN viral, et ne doit pas être considérée comme une réinfection ou une persistance virale », indiquait dès le mois de juillet 2020 le conseil scientifique.

Tout ceci pourrait ainsi expliquer pourquoi le jeune dans le Sud-Ouest a été positif en juin 2020 puis quatre mois plus tard. Les quelques symptômes ressentis à l’automne pourraient avoir été dus à un autre virus, pas au SARS-CoV-2. Dans ce cas, il n’y aurait donc eu qu’une seule réinfection, ces derniers jours.

Ce que change l’arrivée des variants

Cette hypothèse semble d’autant plus envisageable que le jeune a eu, cette fois, de nombreux symptômes. Or, l’arrivée des variants à la toute fin de l’année dernière a accentué le risque d’être réinfecté. Ceux dit « brésilien », « sud-africain » ou l’un des dérivés de celui dit « britannique » sont porteurs de la mutation E484K, qui réduit l’efficacité de l’immunité acquise par une précédente infection ou par la vaccination. « Ils peuvent occasionner des réinfections chez des personnes ayant déjà contracté le Covid-19 », disait Olivier Véran début février.

Néanmoins, plusieurs éléments « suggèrent que la substitution en position 484 ne suffirait pas à elle seule à induire un échappement immunitaire important (post-infection et/ou post-vaccinal) », notent Santé publique France et le Centre national de référence des virus des malades infectieuses dans leur dernière analyse détaillée.

Le risque serait particulièrement fort avec le variant sud-africain. D’après une étude menée en Afrique du Sud, le risque de réinfection après une contamination par le virus d’origine serait d’environ 5 %, rapporte le Vidal. Le 10 février, une publication parue dans la revue Clinical Infectious Diseases avait rapporté le cas d’un malade gravement atteint en France après avoir été infecté par ce variant, « quelques mois après une première infection par le SARS-CoV-2 ».

Quoi qu’il en soit, tous nos interlocuteurs s’accordent à dire que « l’immense majorité des personnes sont protégées après une infection », selon les mots de Jean-Daniel Lelièvre, chef du service de maladies infectieuses à l’hôpital Henri Mondor. « Ici [pour le jeune de Tarbes, NDLR], on va aller de supputation en supputation car c’est un cas exceptionnel ». Et qui demande, en plus, à être confirmé.